ECFPs是非常高效且流行的搜索工具，并有着广泛的应用。 ECFPs最早应用在高通量筛选（high-throughput screening，HTS）中，用于分析HTS中假阳性和假阴性先导物。此外，ECFPs也经常应用在基于配体的虚拟筛选中，用来判断化合物是否有活性。大量的实验结果表明，这种圆形拓扑指纹是效果最好的搜索工具之一。 … See more 本文参考自ChemAxon的介绍。英文版在这里。细节部分与rdkit略有不同，但原理基本一致。 扩展连通性指纹（Extended-Connectivity Fingerprints，ECFPs）是一种圆形拓扑指纹，可用于分子表示、相似性搜索、构效关系建模 … See more ECFPs的主要属性有如下几点： 1. 它通过圆形原子邻域（circular atom neighborhoods）来表示分子结构 2. 计算速度快 3. 这些特征代表特定子结构的存在与否 4. 没有经过预定义，可以表示大量不同的分子特性（包括立 … See more ECFP默认的标识符包含了高度特异的原子信息，可以表示大量的子结构特征。然而，在不同的场景中，可能需要不同的抽象方式。例如，在环上某一位置进行氯取代或溴取代时，它们的功能 … See more 基于路径的指纹（path-based fingerprints）广泛用于子结构搜索中预过滤（pre-filtering）。与这种指纹相反，ECFPs并不适合子结构搜索，而适合快速高效地筛选整个分 … See more WebMay 8, 2024 · ECFPs可以捕捉到精确的子结构细节，相对应的，功能基指纹（Functional class fingerprints，FCFPs）则更为泛化，可以将同一类功能基作为一种特征结构。 …

CDK中开源的ECFP/FCFP圆形指纹 - Collaborative Drug Discovery …

Web需要注意的是ECFP4和FCFP4指纹指的是计算直径为4的原子环境，所有RDkit生成的Morgan指纹当选项```radius=2```时，大致等同于ECFP4和FCFP4。 生成指纹位的图像. 对于Morgan和RDKit分子指纹，RDKit能 … WebMay 14, 2024 · 在相似性搜索中，利用类 FCFP 指纹中的位向量 Morgan 指纹来计算两个分子之间的 Tanimoto 相似度。可以选择数据集 (PROTAC 、弹头、 E3 配体或 Linker) 进行搜索。 浏览工具将 PROTAC-DB 中的数据归纳为两类：“目标浏览”和“化合物浏览”。 trippier england soccer player

CFP和RFP哪个厉害? - 知乎

WebApr 18, 2024 · 因此，圆形指纹是原子类型和分子连通性的系统探索，而maccs键依赖于要匹配的预定义分子特征。 “当比较ECFP / FCFP指纹和 RDKit 生成的Morgan指纹时，请记住ECFP4中的4对应于所考虑的原子环境的直径，而Morgan指纹采用的是。 WebMar 5, 2024 · 摩根指纹通过定义不同的invariants 可以输出ECFP、FCFP指纹。 ECFP、FCFP 不同点主要在于如何计算atom invariants.-. ECFP 的atom invariants 是 连接信息 -. FCFP 的atom invariants 是 fature-based invariants. RDKit中Morgan算法支持的feature 有. ECFP4 和 FCFP4 中的4代表是摩根指纹的直径为4，半径 ... http://rdkit.chenzhaoqiang.com/basicManual.html trippier goals atletico